Một trong những lợi điểm của việc sử dụng nền tảng Java EE là nó cho phép chúng ta khởi công mà tốn rất ít công sức. Chúng ta có thể tải bản thực thi Java EE từ Sun miễn phí. Đồng thời cũng có rất nhiều các công cụ mã nguồn mở hữu ích cho phép mở rộng nền tảng hay đơn giản hóa quá trình phát triển.

Một số ví dụ về các công cụ phát triển Java mã nguồn mở của các hãng bên ngoài (thứ ba):

• NetBeans IDE, môi trường phát triển tích hợp dựa trên Java
• Nền Eclipse, môi trường phát triển tích hợp dựa trên Java
• Jedit, công cụ biên tập văn bản nguồn dựa trên Java mã nguồn mở
• Jakarta Tomcat, một khung chứa JSP trong ứng dụng mạng (Servlet/JSP web container)
• Jakarta JMeter, công cụ kiểm thử chất lượng dòng tải cho các máy chủ web
• Apache (Apache Software Foundation - Sáng hội phần mềm Apache) Ant (Apache Ant), công cụ xây dựng phần mềm (build) tự động
• JUnit, một khung hình kiểm thử đơn vị (unit tests) tự động
• Jasper Reports, công cụ viết báo cáo (report writer)
• JBoss, trình chủ mã nguồn mở (application server)
• GlassFish, trình chủ mã nguồn mở của công ty Sun Microsystems.
• Geronimo, an open-source application server
• JOnAS, một trình chủ mã nguồn mở
• exteNd một bộ phần mềm giúp việc tạo dựng các chương trình ứng dụng mạng của Novell. Đã gián đoạn từ năm 2005.
• Jetty, một trình chủ HTTP (HTTP Server) sử dụng Java và một khung chứa Servlet (Servlet Container)
• Struts, một khung hình dành cho việc tạo các trình ứng dụng mạng sử dụng JavaEE
• Resin (Resin application server - trình chủ Resin), một trình chủ có hỗ trợ XML (integrated XML support)